До того, как 1 октября 1202 г. флот вышел в море, Иннокентий III узнал о плане нападения на Задар от Петера Капуанского, которого он послал в Венецию, чтобы тот сопровождал крестоносцев на восток в качестве папского легата. Но дож и его советники, по словам автора биографии папы, опасаясь, что Петер помешает их коварному плану нападения на Задар, прямо сказали ему, что не могут принять его как легата; он может плыть только как простой проповедник, если пожелает; в противном случае, пусть возвращается в Рим. Оскорблённый Пётр вернулся и сообщил папе о намечаемом нападении на христианский город. Папа немедленно написал письмо, послав его с аббатом Петером Лоцедио, запрещая крестоносцам атаковать какой-либо христианский город, и специально упомянул город Задар, как владение венгерского короля, который сам перед тем принял крест. Петер Капуанский поведал папе и о предложении напасть на Константинополь, исходившим от молодого Алексия. Уже упомянутое письмо Иннокентия Алексию III Ангелу от 16 ноября 1202 г. сообщало императору, что Филипп Швабский и молодой Алексий в самом деле пытались повернуть армию крестоносцев против Константинополя, но что лидеры походы послали Петера Капуанского за советом и что он не разрешил нападать, хотя, как сказано в письме, среди его кардиналов многие считали, что он должен был бы это разрешить ввиду неповиновения греческой церкви.
     Но лидеры похода не выполнили указания папы, хотя эти указания и были достаточно ясными. В течение первой недели октября 1202 г. большой флот (от 200 до 230 кораблей, включая 60 галер и транспортные суда, некоторые со специальными помещениями для лошадей) вышел в Адриатику. Больше месяца он шёл вдоль побережий Истрии и Далмации, демонстрируя в различных портах устрашающую мощь Венеции. 10 ноября флот появился у Задара. Вполне вероятно из-за папского предупреждения об отлучении Бонифаций благоразумно отстал и не участвовал в операции. После высадки у Задара недовольство, зревшее в армии, вылилось наружу. Некоторые бароны из той партии, что с самого начала выступала против нападения на Задар, обратились к защитникам города, убеждая их не капитулировать, поскольку крестоносцы, по их убеждению, не примут участия в штурме. На собрании лидеров похода и венецианцев аббат Ги де Во-Сито встал и запретил нападение от имени папы. Он был поддержан Симоном де Монфором и рядом знатных баронов. Но лидеры убедили большинство крестоносцев в том, что они должны помочь венецианцам овладеть городом. Тогда Симон де Монфор со своими сторонниками отошёл от стен на некоторое расстояние, чтобы отстраниться от этого грешного действия. После двух недель осады и штурма Задар сдался; гарнизон и жителей пощадили, но крестоносцы и венецианцы оккупировали город, поделив между собой добычу. К этому времени (24 ноября 1202 г.) было уже слишком поздно предпринимать заморскую переправу, и экспедиция перезимовала в Задаре. Через три дня между франками и венецианцами разразилась настоящая война, повлекшая за собой много жертв. Лидерам похода с огромным трудом удалось прекратить этот конфликт.
     В середине декабря прибыл Бонифаций Монферратский. Через две недели прибыли послы с предложениями от Филиппа Швабского и молодого Алексия: если крестоносцы и венецианцы помогут Исааку Ангелу и молодому Алексию вернуть императорский трон в Византии, они приведут империю обратно в подчинение папе. Более того, они дадут 200 тыс. марок серебром для раздела поровну между крестоносцами и венецианцами, а также заплатят за обеспечение всей экспедиции ещё на год вперёд. Затем молодой Алексий лично присоединится к крестовому походу против сарацинов, если этого пожелают лидеры экспедиции, но в любом случае, он снарядит армию из 10 тыс. греков, а также будет содержать за свой счёт до конца жизни отряд из 500 рыцарей для защиты Святой Земли в Сирии.
     В лагере венецианцев дож и знатные бароны выслушали это заманчивое предложение. На следующий день общее собрание войска услышало это предложение в первый раз. Большинство рядовых рыцарей выступило против новой войны с христианами и при поддержке некоторых священников настаивало, чтобы армия двигалась прямо в Палестину. Эту точку зрения разделяли и многие знатные бароны. Но даже духовенство не было единым. Некоторые священники, подобно лидерам, точку зрения которых отражает Виллардуэн, придерживались мнения, что вернуть Иерусалим, можно только начав поход с Византии. Несмотря на то, что мнения разделились, руководители похода, включая Бонифация, Бодуэна Фландрского, Луи де Блуа, Гуга Сент-Поля и других – всего меньше 20 человек, – подписали соглашение, принимающее предложение Алексия и ставящее армию в зависимость от успеха константинопольской интервенции. С подписанием соглашения разлад в армии не прекратился. Многие из крестоносцев рангом пониже, страдавшие от голода и других лишений, поскольку знатные бароны монополизировали воинские ресурсы, дезертировали зимой, найдя прибежище на купеческих судах, некоторые из которых утонули в море. Некоторые пошли через земли Кроатии, где их поубивали местные жители. Одна группа благородных рыцарей также отплыла, поклявшись, что вернётся после доставки посланий в Сирию; но они не выполнили своё обещание. Контингент из Фламандии, сразу отправившийся в крестовый поход по морю, благополучно добрался до Марселя и, хотя Бодуэн велел командирам этого отряда присоединиться к основному корпусу в Греции, они вместо этого поплыли прямо в Палестину. Симон де Монфор, Ангерран де Бове и другие знатные бароны также ушли, договорившись с королём Эмериком Венгерским, что тот разрешит им пройти через Кроатию и так добраться до Италии по побережью Адриатики. Все эти дезертирства, как с огорчением отмечает Виллардуэн, серьёзно ослабили армию крестоносцев.
     Крестоносцы, принявшие участие в нападении на Задар вопреки запрещению папы, автоматически подверглись отлучению. Лидеры похода обеспечили себе предварительное отпущение грехов от находившихся в армии епископов и затем послали в Рим делегацию, чтобы объяснить Иннокентию, каким образом они по неволе впали в грех непослушания, и попросить прощения. Не желая рисковать успехом всего крестового похода, от которого он ожидал многого, папа принял делегатов милостиво. Он отослал их назад с порицающим письмом, но не со столь яростным осуждением захвата Задара, как этого можно было бы ожидать. Папа даже согласился отпустить грехи виновным крестоносцам после того, как они вернут всё, что взяли незаконно, а также с условием, что они не совершат больше подобных проступков¹. Но венецианцы не могли отделаться так легко, поскольку они оскорбили Петера Капуанского в Венеции, открыто проигнорировали запрещение Иннокентия нападать на Задар и, что самое главное, не выказывали никаких признаков раскаяния. И хотя делегаты крестоносцев пытались убедить папу простить венецианцев, тот не согласился. Поэтому папский эмиссар, вёзший письмо с отпущением грехов для крестоносцев, также имел с собой письмо с отлучением для дожа и его венецианцев. Однако Бонифаций и бароны-земляки сумели перехватить это письмо. Они написали папе, объясняя свои действия стремлением воспрепятствовать распаду армии крестоносцев и обещая, что доставят письмо по назначению, если папа будет настаивать².
     Дошедшая до нас часть переписки между папой и крестоносцами касается до этого момента только Задара. Однако папа был хорошо осведомлён и о планах, касающихся Константинополя. Мы уже говорили об этом, рассказывая о ноябрьском письме 1202 г. Алексию III. Но, только получив письмо Бонифация, объясняющее утаивание папского отлучения венецианцев (июнь 1203 г.), Иннокентий отправил Бонифацию послание с требованием доставить письмо об отлучении под угрозой аналогичного наказания и прямо запрещая нападение на Константинополь³. Но было уже слишком поздно. Флот покинул Задар до того, как это письмо было написано, и тем более до того, как его доставили. Свидетельствует ли эта неудачная попытка папы осудить отклонение похода о его соучастии в заговоре? Некоторые современные историки полагают, что папа протестовал «для протокола», а втайне поощрял поход на Константинополь. Греки с того времени считают Иннокентия главой заговора. Но более правдоподобным кажется предположение, что Иннокентий просто позволил, чтобы отклонение произошло. Может быть, он чувствовал, что не сможет этому помешать. К тому же это отклонение способствовало достижению – хотя и методами, которые он не мог одобрить открыто, - одной из главных целей папской внешней политики – унии церквей и одновременно второй главной цели – освобождению Святой Земли.